《潜伏》讲述1945年初，国民党军统总部情报处的余则成弃暗投明成为潜伏在军统处地下党的故事。
故事发生在1945年初，当时余则成还在重庆和左蓝相识，左蓝是一个思想进步的女学生，工作是翻译，经常在报社发表进步思想。吕宗方是余则成的上级，其实他是一名潜伏多年的共产党员，他在多次执行任务的时候发现余则成是一个心思缜密，思想进步的青年，想发展他入党，由于时机不是很成熟，于是派余则成去南京，潜入汪伪政府，查出叛逃的李海丰的底细，找机会杀掉他。没想到在他和吕宗方正要交接的时候，他听到一声枪响，吕宗方倒地，一个特务持枪逃跑，吕宗方牺牲了，但是后续任务还要进行。于是余则成单枪匹马为了给吕宗方报仇杀掉了李海丰，这样他得到了军统的嘉奖，晋升为少校，也因为他的操作，有人想暗杀掉余则成，没想到余则成大难不死活过来了。救他的人正是地下党，他才知道吕宗方和左蓝都是地下党，并且也开始思考自己是不是为了理想而奋斗。
余则成重新回到军统升职，可是他看到了内部的腐朽，于是决定潜伏。他被天津站的站长吴敬中调到天津特务站，站长让把家属接到天津，于是党内安排了一个女游击队长翠平前来做假夫妻，翠平大方朴实，泼辣耿直，大字不识，但是也当机立断的处理了很多紧急事务。天津站和余则成接头的地下党被发现了，于是余则成绞尽脑汁安排了一出戏，让陆桥山情报处处长替他出面，将行动队对账马奎打垮，然后用军统埋伏在延安的佛龛和天津站联络人交换，一切都在计划之中，但是万万没想到到的是马奎在被遣送途中逃跑，他又返回天津找左蓝报复，本来佛龛想利用左蓝检验余则成是否忠诚军统，让马奎搅乱了计划，余则成知道消息之后无法脱身只能将计就计让翠平前去送消息告诉左蓝不要前去赴约，那里是一个圈套，左蓝说只有去了才能保证余则成的安全，这时马奎出现了看到了翠平和左蓝在一起，翠平打死了马奎，没想到马奎最后奄奄一息的时候一枪打死了左蓝。余则成知道后消沉了一段时间，革命还要继续，潜伏还要进行，后面还很危险。
新的联络站建立了，翠平开始学习识字，这时候原来住他家楼下的会计被裁员搬走了，新来了一对夫妻，这也是不一样的存在，翠平时刻小心着。这对夫妻男的谢若林是个收买情报的特务，女的晚秋是汉奸穆连成的侄女，穆连成忍受不了各路军统，警察等对他的敲诈和他的日本情人逃到日本。侄女回了老家，后来嫁给谢若琳，一直忍气吞声，最后迫于无奈寻死了结，被余则成和翠平救下护送到xxx。但是谢若林一直是个眼中钉，他一直怀疑余则成和翠平，到处找他的资料，但是始终不能得逞。而佛龛也不是一个等闲之辈，他将陆桥山推翻，被遣送到其他地方，余则成顺理成章当了副站长，吴敬中只想着退休，无心站里的事宜，余则成可以获取更多情报。
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