企业产权与个人财产界限不清，中小企业的经营权与所有权的分离远不如大企业那么明显，尤其中小企业中的民营企业，投资者就是经营者，企业财产与个人家庭财产经常发生相互占用的情况，给会计核算工作带来困难。
1、会计机构与会计人员不符合会计规范在企业会计机构设置上，有的独资小企业干脆不设置会计机构，有的企业即使设置会计机构，一般也是层次不清、分工不太明确。
在会计人员任用上，小企业最常见的做法是任用自己的亲属当出纳，外聘高手作兼职会计，这些人员有在税务部门工作的，有国有企业财务管理人员，在会计师事务所的人员等，一般定期来做帐。有些企业管理者也愿意聘请能力强的会计人员，但是中小企业由于其发展前景及社会上得到人们认程度较低以及较差的'工作保障，使得其对优秀会计人员的吸引力远不如大企业。会计从业人员资格认定及规范考核的问题也很多，会计无证上岗现象严重，会计主管不具备专业技术资格的现象不胜枚举。会计人员的后续教育培养工作几乎没有进行。
2、建账不规范或不依法建账，会计核算常有违规操作。
中小企业有些根本不设账，以票代帐，或者设账，但账目混乱。还有相当一部分中小企业设两套账或多套账。据有关人士在一次问卷调查研究中得出，中小企业存在两套帐的比率高达78.36%，这表明我国中小企业会计信息严重失真。在会计核算方面，待摊费用预提费用不按规定摊提，人为操纵利润，采用倒轧账的方式记账等等，有些会计人员知识结构的老化与专业知识较低，使得许多理论上完善的会计方法与复杂的会计技术无法实施，或在实施时大打折扣。
3、内部会计监督职能没有发挥出来。
会计的基本职能之一就是实行会计监督，保证会计信息的真实准确，保证会计行为的合理合规。内部会计监督要求会计人员对本企业内部的经济活去进行会计监督，但是中小企业的管理者常干预会计工作，会计人员受制于管理者或受利益驱使，往往按管理者的意图行事。使用会计的监督职能几乎无法进行。
用以证明经济业务发生的原始凭证付出成本大，或者难以获得，原始凭证的获取要付出成本，是因为企业在购买商品物资时要不要发票存在着不同的价格，若要发票，要加价，价格较高;不要发票价格较低，两者的差价是税款。中小企业往往希望以较低的价格成交，但是又无法取得记账所需的合法凭证。还有的企业发生费用后无法取得发票，只能取得不合规的收据。多发生在上级主管部门摊派的费用支出。企业只好不作此账，或相互之间调剂票据。
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