1.加强环境保护的顶层设计。
我国当前面临的严峻污染形势，环境保护涉及城建规划、财政税收、产业升级等各个方面的系统性和污染所呈现出的新特征，都要求中央加强顶层设计，加大统筹协调力度。
一是增强环境保护规划的系统性。改变孤立看待环境保护的思维，主动将其融入到国家的整体规划，城建、财税、产业升级等各方面的具体规划要体现环境保护的理念，从规划源头上增强环境保护的系统性。
二是加快主体功能区建设。主体功能区是国土开发的基础，要尽快完善相关规划，发挥其引导各地功能定位的作用。在生态脆弱的主体功能区建设中，要处理好贫困与环境的关系，严禁对资源、生态进行掠夺性开发，通过加大扶持力度和科学规划建设，实现环境和脱贫的双赢。
三是推动绿色发展。建立完善环境保护指标体系，指标体系尤其要体现时效性和科学性，增强对绿色发展的指导作用。大力推进能源改革，逐步建立高效、低碳、环保的能源体系，降低化石能源比重，提高太阳能、风能、水能等清洁能源比重。
四是加大环境治理力度。推进水、土壤、大气等污染的综合防治和治理，实行联防联控和流域共治，建立地方之间的合作机制，调动地方在跨行政区域污染治理上的积极性，促进横向合作，实现互利共赢。
2. 明确中央、地方环境保护事权。
环境保护的职责在中央，更在地方，要按照权责对等的原则，明确中央、地方事权。
第一，建立科学的事权划分机制。对各类环境进行详细的责任主体划分，跨行政区域的由中央负责统筹、地方参与共同治理，探索建立跨行政区的环保机构，属地方事务的强化地方的主体责任。实行环保监测监督执法垂直管理，建立统一的监测体系，为环境保护提供大数据支持。
第二，加大环境保护考核。建立完善环境保护综合考评体系，提升环境保护考核在中央对地方考评体系中的地位，作为评价干部科学施政能力的重要依据，与干部选拔使用直接挂钩。
第三，完善中央对地方的转移支付制度。针对权责倒挂的现状，通过转移支付等手段，在中央统筹的条件下做强地方财政。转移支付要根据当地实际，体现差异性和激励作用，环境治理好的，加大奖励性转移支付; 环境治理不力的，从中央对该地区的其他转移支付中按照一定比例转移到环境保护支出中; 加大对生态脆弱地区的转移支付力度。本着谁受益谁付费的原则，逐步探索建立地方政府之间的横向转移支付制度，加强地方政府之间的合作共赢。
3. 明晰政府、市场的环境保护职责。
在环境保护中，政府主要负责环境的规划、标准、监测、科研等方面，提升对环境的综合管理能力。要结合环境的承载能力，加强对污染总量的控制规划，完善排放标准体系的建设，以科学的标准体系引导规范市场主体降低污染排放。按照《环境保护法》规定，监督项目的防治污染设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用，提升环境基础设施建设水平。财政支出的重点要逐步转移到基础预防和科技研发等方面，注重发展节能和可再生能源技术，加大对环境监测体系、生态保护修复、基础科学研究等方面的投入。履行好为市场失灵进行补缺的职责，科学引导市场行为。明晰市场职责，尤其对排污企业，要按照“损害担责”和“污染者付费”的原则，结合污染的总量和危害性，足额收取排污费，从源头上遏制、降低污染，改变政府为排污企业买单的状况，使排污企业承担相应的责任，倒逼排污企业通过更新设备、改造升级、加强管理等措施降低污染。
4. 建立制度性增长机制，逐步扩大支出规模。
我国环境保护历史欠账过多，污染形势严峻，同时环境的公共物品属性要求政府必须高度重视环境污染问题，建立起稳定的支出增长机制，持续加大投入力度。
第一，继续加大财政投入力度。经济的快速发展、财政实力的稳步增强为环境保护提供了坚实的财力基础。要做实财政节能环保支出科目，建立稳定的经费增长机制。要把环境保护支出作为国家财政支出的倾斜性重点支出项目，研究制定新增财政收入优先用于环境保护的规则制度，增长率应高于财政总支出增长率，不低于其他各项支出平均增长率。
第二，扩宽融资渠道。制定优惠的财政、税收政策和金融政策，调动企业、个人、公益组织投资环保领域的积极性，提高对社会资本的吸引。
第三，优化财政支出结构，提升对社会资金的拉动作用。环境保护产业是战略性新兴产业，尤其对投资巨大的环保产业项目，单纯依靠财政支出是不现实的，要注重发挥财政资金的指导作用，通过贷款、BOT、TOT、PPP 等模式，建立多元化、多渠道的资金投入机制。
第四，完善统计体系。建立完善统一的环境保护资金统计体系，严格界定投资的标准，探索建立环境保护部门独立自主负责的统计体系，保障环境保护投资数据的真实性和可靠性。
5. 提高环境保护财政支出的绩效。财政支出的绩效对环境保护的效果具有决定性意义。
第一，提升污染预判能力。加强对环境污染趋势的分析研究，对有扩大污染范围、危害性大的污染物有针对性地提前进行预防，对污染严重的地区，有针对性地调拨资金进行及时治理。
第二，加强资金使用规章制度建设。明确资金使用的对象、程序、方法、资金使用部门的责任和分工，使资金的使用过程受到全方位的监督。
第三，建立健全绩效评价机制。将绩效理念融入资金使用全过程，构建预算编制、预算监控、预算评价等指标体系，对资金的使用实行绩效管理。
第四，完善资金补助机制。改变当前补助资金与立项挂钩的机制，探索建立补助资金与项目投产后的实际效果挂钩的机制，达到治理效果的补助资金全额划拨，并给予适当奖励;未达到治理效果的，补助资金收回并限期整改，所需资金由受助方承担，改变重建设轻效果的局面。
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